图像预处理过程

图像介绍

DownSample.java文件中主要涉及了以下图像：

  • ourBrainImage：导入ImageJ的原始图像
  • Atlas132labelImage：Allen小鼠脑图谱（冠状面）570×400×660
  • tempInvertOrgImage：Allen小鼠脑平均模板反转
  • tempOrgImage：Allen小鼠脑平均模板
  • annotationImage：注释图谱
    其中Atlas132labelImage、annotationImage、tempOrgImage和tempInvertOrgImage是直接存入cache的。Atlas132labelImage仅仅是用于展示脑图谱，并没有做过多的处理。tempOrgImage和annotationImage均由Allen Brain提供（CCFv3）。

获取CCFv3小鼠全脑平均模板和注释

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import nrrd # pip install pynrrd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image

AVGT, metaAVGT = nrrd.read('average_template_25.nrrd'); # 25 voxel
ANO, metaANO = nrrd.read('CCFv3_annotation_25.nrrd');

AVGT.shape # (528, 320, 456)
# 存储average template
for i in range(526):
    slice = AVGT[i+1,:,:].astype(float)
    slice /= np.max(slice)
    im = Image.fromarray(np.uint8(plt.cm.gray(slice)*255))
    im.save('avgt/avgt_coronal_%d.png'%(i+1))
# 存储annotation
for i in range(526):
    slice = ANO[i+1,:,:].astype(float)
    slice /= 2000
    im = Image.fromarray(np.uint8(plt.cm.gray(slice)*255))
    im.save('anno/ano_coronal_%d.png'%(i+1))

今日总结

我之前并没有留意BIRDS插件一开始载入缓存文件夹中的内容，本以为就是把github下载下来的压缩包解压，但今天仔细看了一下代码，才发现中间调用了AddtionalFile.java，用于生成orgInvertImage.tif，该代码又使用了InverTool.java，看来细节还是蛮多的。

我花了很长时间找annotationImage的原始出处，最终发现最有可能的来源是CCFv3，但下载后是nrrd格式，用ImageJ打开是矢状面。我在github、Allen社区以及文章提供的数据中下载到的模板和注释，打开后都是矢状面。晚上回到宿舍以后我还是不甘心，总觉得作者不应该没有提供冠状面的模板，我从nrrd这个文件格式入手，意外看到了一篇博客下面的评论，ImageJ里面可以查看stacks的正交视角！！！我试了一下，果然可以看到冠状面！

接下来的问题就是怎么把全脑冠状面存储为tif格式，昨天没想到好的解决办法，今天早上试了一下Allen提供的API，写了个循环获取冠状面（按顺序命名），然后用ImageJ读取Image sequence并存储为tif格式。（我没有找到BIRDS里面用的voxel是20µm的模板，但感觉问题不大~）

┭┮﹏┭┮ 今天早上喜提周六文献汇报，看论文去了！

参考文章